PT Mitra BUMDes Nusantara didirikan sesuai dengan akta pendirian perusahaan Nomor: 41 tanggal 4 April 2017 yang dibuat dihadapkan notaris Otty H.C Ubayani, SH dan disahkan oleh Kemenkumham berdasarkan Nomor: AHU-0018057.AH.01.01 tahun 2017.
Berdasarkan akta perubahan anggaran dasar perusahaan Nomor: 19 tanggal 2 Agustus 2017, susunan pemegang saham PT Mitra BUMDes Nusantara adalah 7 BUMN yaitu: Perum BULOG, Danareksa, Pertamina Retail, PPI, RNI, PIHC dan PTPN 3.
Sebagai perusahaan baru, PT Mitra BUMDes Nusantara didampingi oleh BUMN sebagai pembina. Pembinaan dilakukan oleh Perum BULOG sejak April hingga Oktober 2017. Kemudian pada 12 Oktober 2017 pembina dialihkan kepada PT Bank Rakyat Indonesia.